L’Agenzia delle Entrate, attraverso i suoi uffici, può provvedere all'autocorrezione in via autonoma, "d'ufficio", oppure dietro iniziativa del contribuente.

L'istanza non è soggetta al rispetto di forme particolari: è sufficiente, ad esempio, trasmettere all'ufficio competente una semplice domanda in carta libera contenente un'esposizione sintetica dei fatti corredata dalla documentazione idonea a comprovare le tesi sostenute. In particolare, deve essere specificato l'atto di cui si chiede l'annullamento, i motivi che fanno ritenere tale atto illegittimo e, di conseguenza, annullabile in tutto o in parte. Qualsiasi atto può essere oggetto di riesame.

Competente per l'annullamento dell'atto illegittimo è lo stesso ufficio locale che ha emanato l'atto.

Se ricorrono i requisiti per l'esercizio dell'autotutela e l'ufficio competente, a causa di "grave inerzia", non provvede all'annullamento dell'atto, è la Direzione regionale da cui l'ufficio dipende che, in via sostitutiva, può procedere all'annullamento dovuto.

I casi più frequenti di annullamento di un atto o di revoca dello stesso si hanno quando l'illegittimità deriva da:

• errore di persona

• evidente errore logico o di calcolo

• errore sul presupposto dell’imposta

• doppia imposizione

• mancata considerazione di pagamenti regolarmente eseguiti

• mancanza di documentazione successivamente presentata (non oltre i termini di decadenza)

• sussistenza dei requisiti per fruire di deduzioni, detrazioni o regimi agevolativi, precedentemente negati

• errore materiale del contribuente, facilmente riconoscibile dall'Amministrazione.

L'annullamento dell'atto illegittimo può essere effettuato anche se è pendente il giudizio o se l'atto è divenuto ormai definitivo perché i termini per ricorrere sono decorsi e anche se il contribuente ha presentato ricorso e questo è stato respinto per motivi formali (inammissibilità, improcedibilità, irricevibilità) con sentenza passata in giudicato.

Se sulla questione si è formato un giudicato sostanziale (se, cioè, il contribuente ha impugnato l'atto e i giudici tributari, con decisione non più revocabile, hanno dato ragione all'Amministrazione), l'annullamento è possibile soltanto per motivi di illegittimità del tutto diversi da quelli esaminati e respinti dai giudici.
L'annullamento dell'atto illegittimo comporta automaticamente l'annullamento degli atti a esso consequenziali (ad esempio, il ritiro di un avviso di accertamento infondato comporta l'annullamento della conseguente iscrizione a ruolo e delle relative cartelle di pagamento) e l'obbligo di restituzione delle somme riscosse sulla base degli atti annullati.